2018 yılında vakfa yönelik operasyon düzenlenmiş, sonrasında yapılan soruşturmada suç unsuruna rastlanmaması sebebiyle vakfın kurucusu Alparslan Kuytul ile vakıf başkanı Ali Alagöz tahliye edilerek serbest bırakılmıştı.
Furkan Vakfı’na, 2 Şubat 2018 tarihinde Adana 3. Asliye Hukuk mahkemesince kayyım atanmış ve Vakıflar Genel Müdürlüğü tarafından “amacı dışında faaliyet yapmak” iddiasıyla kapatılma davası açılmıştı. En son 14 Nisan 2020’de Adana Merkez Adliyesinde görülen kapatılma davası 2 Temmuz 2020 tarihine ertelenmişti.
Davanın bugün görülmesi bekleniyor.
Vakıf yetkilileri, yapılan çalışmalar nedeniyle daha önce Adana Emniyetinden plaket alındığını ve bununla beraber TEM, MİT, KOM gibi kurumlar tarafından hazırlanan araştırma raporlarında, vakfın hiçbir örgütle iltisakı olmadığının belgelendiğini söylüyorlar.
